Karttakuvaa avattaessa valitse Setting points of coordinates kohdassa No.
Koordinaatit asetetaan valitsemalla kaksi maamerkkiä ristikkäistä kulmista ja merkitsemällä ne Location Tool Barissa olevilla 
ja 
symboleilla.
Vastaaville maamerkeille haetaan koordinaattiarvot esim. Google Mapsista tai MapAntista. Google Mapsissa siirretään hiiren osoitin maamerkin kohdalle ja painetaan hiiren vasenta näppäintä. MapAntissa vastaavista mutta painetaan hiiren oikeaa näppäintä.
Molempien koordinaattien pisteet kannattaa hakea siten että koordinaatti pisteiden arvot on haettu omille välilehdilleen.
Tämän jälkeen FjwMapista valitaan Edit valikosta Coordinates Distance toiminto.
Edit -> Coordinates Distance (CTRL + K)
Avautuvasta Coordinates ikkunasta ruksitaan Enter GPS Coordinates ja syötetään maamerkeille haetut koordinaattiarvot Google Mapsista tai MapAntista.
Koordinattien asettamisen jälkeen kannattaa kartan tiedot tallentaa MAP tiedostoon. Tämä tapahtuu File valikosta valittavalla toiminnolla Save data in additional MAP.
File -> Save data in additional MAP (CTRL + M)